В Acrobat Reader последних версий все отображается нормально. Но пару пользователей жаловались на черные квадраты, и на моем домашнем компьютере под Ubuntu - то же самое. Это видимо связано с криво наложенном слоем OCR. Ничего страшного, мне преобразовать файл - дело нескольких минут.